A la fin du premier semestre (fin janvier), les étudiants choisissent entre l'option SI (Sciences de l'Ingénieur) et l'option informatique. Ce choix conditionnera l'entrée en seconde année (MP ou PSI).

Le lycée dispose en seconde année d'une classe de MP et d'une classe de PSI. Pour les étudiants réussissant brillamment en MPSI, il est également possible d'intégrer une deuxième année dans une classe étoile d'un autre lycée.

La possibilité est donnée aux étudiants souhaitant se réorienter en cours d'année (ou en fin de première année) de rejoindre l'université d'Aix-Marseille grâce à la convention signée entre les deux établissements, les étudiants de CPGE devant obligatoirement effectuer une double inscription dans une université.

A la fin de leur deuxième année, les étudiants passent les concours pour intégrer les écoles d'ingénieurs.